En algunos países, incluyendo los Estados Unidos, a los animales de cría intensiva se les suministra hormonas que aumentan su tasa de crecimiento o la producción de leche. El empleo de hormonas ha sido prohibido en la Unión Europea, debido a las serias preocupaciones de sus efectos en el bienestar animal y el riesgo potencial en la salud humana. Otro asunto muy preocupante es el abuso de antibióticos en los animales de granja, que puede conducir al desarrollo de diversos tipos de bacterias resistentes a los antibióticos.
Los antibióticos suelen ser utilizados habitualmente para fomentar el crecimiento o evitar la rápida propagación de las infecciones provocadas por bacterias, que pueden suceder en condiciones de hacinamiento de los sistemas de cría intensiva. En 1997, se celebró un congreso de una Organización Mundial de la Salud que contó con 70 expertos en salud, en el que se llegó a la conclusión de que: "las variedades resistentes de cuatro bacterias causantes de enfermedades humanas han sido transmitidas de los animales a los humanos y han demostrado tener graves consecuencias en la salud humana. Dichas bacterias son la Salmonela, Campylobacter, Enterococci y E. Coli."
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